Η ευρύτερη περιοχή των Φιλιατρών κατοικείται τουλάχιστον από το 3.000 π.Χ., καθώς έχουν παρατηρηθεί ίχνη ζωής από τη Λίθινη Εποχή. Σχετική επιβεβαίωση δίνουν οι λίθινοι πέλεκεις και διάφορα άλλα εργαλεία που έχουν βρεθεί σε ανασκαφές κατά μήκος του ποταμού Κρουνοί και σε σπήλαια της περιοχής.
Κατά την αρχαιότητα η περιοχή υπαγόταν στο βασίλειο της Πύλου υπό τον Νέστορα, καθώς η κωμόπολη των Φιλιατρών θεωρείται ως η συνέχεια της αρχαίας πόλης με την ονομασία Εράνα, η οποία βρισκόταν στην ευρύτερη περιοχή των σημερινών Φιλιατρών, αλλά δεν έχει επακριβώς ταυτιστεί η τοποθεσία της, που τοποθετείται κυρίως προς την περιοχή της Αγίας Κυριακής.
Σύμφωνα με μια εκδοχή το όνομα των Φιλιατρών προέρχεται από τον Φράγκο βαρόνο Ντε Φιλιάτρ, ενώ σύμφωνα με μια άλλη επικρατέστερη εκδοχή από τα πολλά πηγάδια τα οποία υπήρχαν στην περιοχή πριν από αρκετά χρόνια (από την εξέλιξη της λέξης «φρέαρ» > φρήαρ - φρηρ - φλητρόν - φλεατρόν - φιλιατρόν και στον πληθυντικό Φιλιατρά, καθώς φιλιατρό σημαίνει το χείλος του πηγαδιού).
Στα τέλη του 19ου αιώνα και τις αρχές του 20ου αιώνα η κωμόπολη άκμασε οικονομικά με την άνθιση του εμπορίου και την καλλιέργεια της σταφίδας καθώς και τις μεγάλες εξαγωγές της στην Ευρώπη.
Την 27η Αυγούστου του 1886 όμως η πόλη ισωπεδώθηκε σχεδόν ολοκληρωτικά από τον μεγάλο καταστροφικό σεισμό των 7,5 βαθμών της κλίμακας ρίχτερ, με επίκεντρο τα Φιλιατρά, ο οποίος δημιούργησε εκτεταμένες ζημιές στην Μεσσηνία και την Ηλεία.
