Οι ντόπιοι τη λένε και "Νησί" και είναι χτισμένη στη δυτική όχθη του ποταμού Πάμισου στο νότιο μέρος της πεδιάδας που ο Όμηρος ονόμαζε "Μάκαρ πεδίον". Ο Παυσανίας την καταγράφει ως κατοικημένο έδαφος με την ονομασία "Λίμναι".
Το 400 μ.Χ., στη σημερινή πόλη κατέφυγαν κάτοικοι της Αρχαίας Μεσσήνης όταν αυτή καταστράφηκε από τις ορδές του Αλάριχου. Κατά τη βυζαντινή περίοδο, όμως η πόλη ήκμασε και υπήρχε ακόμα και επισκοπή Μεσσήνης που διατηρήθηκε μέχρι το 1852 οπότε και μετέφερε την έδρα της στην Καλαμάτα.
Στα πρώτα χρόνια της Φραγκοκρατίας, οι Γάλλοι ιππότες βρέθηκαν μπροστά σε έναν πλημμυρισμένο Πάμισο με όλο το "Μάκαρ πεδίον" καλυμένο από νερό. Τότε έδωσαν στην πόλη το προσωνύμιο ille (Νησί) και για 600 χρόνια ήταν και το μοναδικό όνομα της Μεσσήνης μέχρι να ξαναπάρει το όνομα που της είχαν δώσει οι καταδιωγμένοι της Αρχαίας Μεσσήνης.
Εδώ διαδραματίσθηκε, το 1770, μια από τις τελευταίες πράξεις της αποτυχημένης επανάστασης των Ορλωφικών με 400 Μανιάτες, υπό την αρχηγία του Ιωάννη Μαυρομιχάλη (ή Σκυλογιάννη), να δίνουν γεναία αλλά άνιση μάχη απέναντι σε έναν μεγάλο στρατό Αλβανών. Στη μάχη αυτή σκοτώθηκε και ο Γεώργιος Φλέσσας, παππούς του ήρωα της επανάστασης του 1821 Παπαφλέσσα.
Στην επανάσταση του 1821, υπήρξε στη Μεσσήνη κέντρο νεοσύλλεκτων και πεδίο βολής για την εκγύμνασή τους. Οι κάτοικοι συντηρούσαν τους νεοσύλλεκτους με προσωπικά έξοδα για τουλάχιστον ένα χρόνο. Γιαυτό και το 1825 ο Ιμπραήμ κατέστρεψε όλη την πόλη.
Σήμερα, αν βρεθείτε στην πόλη της Μεσσήνης, επισκεφθείτε το πάρκο και τα συντριβάνια της. Και τις απόκριες αξίζει να δείτε στο περίφημο Μεσσηνιακό καρναβάλι, με τις φωτιές το βράδυ της Κυριακής και το κρέμασμα της γριάς Συκούς το πρωί της Καθαράς Δευτέρας.
Το πανηγύρι της Μεσσήνης, κάθε 20 Σεπτέμβρη, διαρκεί 9 ημέρες και ξεκινά με τον ερχομό στην πόλη της θαυματουργής εικόνας της Παναγίας από την Μονή Βουλκάνου κοντά στην Αρχαία Μεσσήνη. Πρόκειται για μια ολονύκτια λιτανεία 20 χιλιομέτρων από το καθολικό της μονής μέχρο το Ναό Ζωοδόχου Πηγής.
